Niedźwiedź brunatny, choć charyzmatyczny i majestatyczny, przez wiele lat dzielił podobny los jak wilk, ryś i inne dużych drapieżników w większości krajów europejskich. W przeszłości główną przyczyną śmiertelności niedźwiedzia brunatnego w Polsce (lub bardziej ogólnie w Karpatach Zachodnich) było zamierzone i oficjalna zabijanie przez ludzi. Od 1952 roku, kiedy to niedźwiedź brunatny został objęty w Polsce ochroną ścisłą, przypadki odstrzału niedźwiedzi są niezwykle rzadkie. Jednak wciąż notuje się przypadki śmierci niedźwiedzi, których przyczyną są ludzie.
Ostatnio, działalność człowieka i zmiany dokonywane w środowisku naturalnym staja się coraz częstszą przyczyną śmiertelności niedźwiedzia. Zwiększenie dostępu do obszarów leśnych, a także niepokojenie zwierząt, czy różnorodne aspekty działalności człowieka, m.in. leśnictwo czy łowiectwo, a także zbieranie poroża, intensywna turystyka, rekreacja i sport, głównie sporty zimowe, przy niedoborach obszarów wolnych od zakłóceń, gdzie zwierzęta mogłyby znaleźć schronienie, stają się poważnym problemem. Inne aktywności, takie jak zbieranie owoców leśnych, zwłaszcza borówki, nie tylko mogą zakłócać spokój niedźwiedzi, ale także zmniejszyć jego zasoby żywności. Jedną z istotnych przyczyn śmiertelności młodych jest fakt ich porzucania przez niepokojoną samicę. W ostatnich dekadach kilka takich przypadków odnotowano w Beskidzie Żywieckim i Bieszczadach. Wypadki drogowe z udziałem niedźwiedzi nie są poważnym problemem w Polsce, jednak przy intensyfikacji rozwoju sieci drogowej, może się to stać istotnym problemem. Ze względu na ograniczoną liczbę niedźwiedzi brunatnych w Polsce, każdy przypadek śmierci niedźwiedzia stanowi znaczącą stratę dla populacji.
Populacja niedźwiedzi w polskiej części Karpat ma charakter transgraniczny, a tym samym jej stan zależy w dużym stopniu od zarządzania populacją niedźwiedzi na Słowacji. Celem ochrony na terenie Słowacji jest utrzymanie właściwego stanu zachowania populacji oraz niedopuszczenie do pojawiania się osobników problemowych, które są eliminowane przez odstrzał. W ostatnich latach (2000-2009), na Słowacji 277 niedźwiedzi zostało odstrzelonych w ramach „odstrzału regulacyjnego”, natomiast 44 w ramach eliminacji osobników problemowych. W związku z tym, że stan populacji w Polsce jest ściśle zależny od stanu populacji słowackiej, obydwa kraje podjęły współpracę tak by wspólnie dyskutować na temat ochrony i zarządzania populacją niedźwiedzi w zachodnich Karpatach, na temat stref buforowych wolnych od odstrzału, a także nad próbami połączenia wschodniego i zachodniego segmentu populacji w rejonie zachodnich Karpat.
Szkody powodowane przez niedźwiedzie brunatne w Polsce nie są liczne, i są znacznie niższe niż te powodowane przez inne gatunki chronione. Liczba szkód powodowanych przez niedźwiedzie jest niska i stabilna w województwach śląskim i małopolskim (koszty odszkodowań to około kilku- do kilkunastu tysięcy złotych), jednak w województwie podkarpackim liczba szkód wzrasta stale w ostatnim dziesięcioleciu i kwota odszkodowań sięga nawet 250 000 zł w 2010 roku (większość to odszkodowania za szkody spowodowane przez niedźwiedzie w pasiekach).